Prüferkonten dienen ausschließlich dem Zugang von Prüfstellen zum Unionsregister. Auf diesen Konten können keine Berechtigungen gehalten werden. Nur akkreditierte Prüfstellen können ein Prüferkonto im Unionsregister eröffnen. Anlagen- oder Luftfahrzeugbetreiber müssen ihrem Konto eine Prüfstelle zuordnen. Diese Zuordnung muss dann von der Prüfstelle bzw. deren kontobevollmächtigten Personen im Unionsregister bestätigt werden. Erst wenn dies erfolgt ist, kann die Prüfstelle bei den entsprechenden Anlagen- und Luftfahrzeugbetreiberkonten die geprüften Emissionen im Unionsregister eintragen beziehungsweise bestätigen.